Озеро образовалось в результате Кеминского землетрясения в январе 1911 года. В конце 1980-х годов площадь озера уменьшилась после прохождения селевого паводка. В феврале 2007 был принят указ о создании национального парка, к территории которого относится и озеро Каинды.